Το ΠΤΕΑ λειτουργεί τα παρακάτω δύο Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών και ένα Διατμηματικό Πρόγράμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών:
Επίσης λειτουργεί Πρόγραμμα Διδακτορικών Σπουδών σε θέματα σχετικά με την Ειδική Αγωγή.