Το ΠΤΕΑ λειτουργεί τα παρακάτω δύο Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών και ένα Διατμηματικό Πρόγράμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών:

• ΠΜΣ   "Επιστήμες της Αγωγής: Ειδική Αγωγή", Διευθύντρια Βλάχου Αναστασία
• ΠΜΣ   "Συμβουλευτική Ψυχολογία & Συμβουλευτική στην Ειδική Αγωγή, την Εκπαίδευση & την Υγεία", Διευθυντής Γιώργος Κλεφτάρας
• ΔΠΜΣ "Εκπαίδευση για την αειφορία και το περιβάλλον". 

Επίσης λειτουργεί Πρόγραμμα Διδακτορικών Σπουδών σε θέματα σχετικά με την Ειδική Αγωγή.