Το ΠΤΕΑ λειτουργεί τα παρακάτω δύο Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών και ένα Διατμηματικό Πρόγράμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών:

• ΠΜΣ   "Επιστήμες της Αγωγής: Ειδική Αγωγή", Διευθυντής Φίλιππος Βλάχος
• ΠΜΣ   "Συμβουλευτική Ψυχολογία & Συμβουλευτική στην Ειδική Αγωγή, την Εκπαίδευση & την Υγεία", Διευθυντής Γιώργος Κλεφτάρας
• ΔΠΜΣ "Εκπαίδευση για την αειφορία και το περιβάλλον". 

Επίσης, συμμετέχει στο διιδρυματικό ΠΜΣ "Επιστήμες της Αγωγής: Ειδική Αγωγή και Εκπαίδευση Ατόμων με Προβλήματα Προφορικού και Γραπτού Λόγου" (κοινό μεταξύ ΕΑΠ και ΠΘ εξ αποστάσεως ΠΜΣ). Τέλος, λειτουργεί Πρόγραμμα Διδακτορικών Σπουδών σε θέματα σχετικά με την Ειδική Αγωγή.